Su creación fue promovida por el cónsul Marco Vipsanio Agripa y, según una fecha inscrita en el propio teatro, su inauguración se produjo hacia los años 16-15 a. C. «Príncipe entre los monumentos emeritenses», como lo denominó el arquitecto José Menéndez-Pidal,1​ el teatro es Patrimonio de la Humanidad desde 1993 como parte del conjunto arqueológico de Mérida.El teatro ha sufrido varias remodelaciones, la más importante durante el siglo I d. C., cuando se levantó el frente escénico actual, y otra en época de Constantino I, entre los años 333 y 337. El teatro fue abandonado en el siglo IV d. C. tras la oficialización en el Imperio romano de la religión cristiana, que consideraba inmorales las representaciones teatrales. Demolido parcialmente y cubierto de tierra, durante siglos la única parte visible del edificio fueron las gradas superiores, bautizadas por los emeritenses como «Las Siete Sillas». Las excavaciones arqueológicas en el teatro comenzaron en 1910 y su reconstrucción parcial en 1962. Desde 1933 alberga la celebración del Festival Internacional de Teatro Clásico de Mérida.